As atividades da FAAMP são fiscalizadas pela Curadoria de Fundações do Ministério Público do Estado de São Paulo, nos termos do art. 66 do Código Civil.

A FAAMP possui Auditores Independentes, credenciados junto à Comissão de Valores Mobiliários (CVM), para aferição dos seus registros contábeis e melhores práticas da contabilidade internacional de forma a garantir a sua posição patrimonial e financeira fidedignos. Anualmente, o balanço é publicado.

A fundação presta contas à USP acerca dos recursos arrecadados e utilizados nos projetos acordados entre as partes.

A Fundação de Apoio ao Museu Paulista, tem personalidade jurídica privada, não estando sujeita às regras aplicáveis às entidades públicas. Mas, em decorrência de convênio firmado com a Universidade de São Paulo, também é avaliada pelo Tribunal de Contas do Estados de São Paulo (TCE/SP), apreciando-se por regras próprias.

No quesito boas práticas em governança, a FAAMP possui um Código de Ética, Programa de Integridade, Ouvidoria e um Canal de Denúncia.